El proceso de consolidación de la defensa de los derechos humanos en México tuvo lugar el 6 de junio de 1990. Un año mas tarde se presentó ante la Cámara de Diputados del Congreso de la Unión una iniciativa para elevar a rango constitucional a la Comisión Nacional de Derechos Humanos y crear un sistema no jurisdiccional de protección y defensa de tales derechos en toda la República.

Posteriormente, el 28 de enero de 1992, se reformó la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos al agregarse un apartado B al artículo 102. Esta reforma garantiza la permanencia de la Comisión Nacional en el sistema jurídico mexicano.

El principal objetivo de la reforma fue estatuir al más alto nivel normativo la existencia y funcionamiento de instituciones que, en los diferentes niveles de gobierno, coadyuvaran a materializar uno de los propósitos fundamentales del Estado, es decir, promover y preservar los Derechos Humanos y garantizar su ejercicio pleno.

En la exposición de motivos de la iniciativa de reforma se destacó la necesidad de construir una nueva relación del Estado con la sociedad por la vía del derecho: único medio que da permanencia efectiva a la transformación, fomenta la dignidad y libertad de cada uno y da sustento firme a la promoción de la justicia.

En ese orden de ideas, el artículo 102 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos se dividió en dos apartados: el "A" para recoger el texto del artículo entonces vigente, que contemplaba la organización y atribuciones del Ministerio Público de la Federación, en su carácter de representante de los intereses de la sociedad, y el "B" para establecer la creación de organismos protectores de Derechos Humanos, complementando así el espíritu eminentemente social de dicho precepto.

El apartado B del artículo 102 estipula la existencia de un organismo de defensa de los Derechos Humanos, estructurado a partir de una ley expedida por el Congreso de la Unión, y de organismos equivalentes a nivel local, creados por las legislaturas de las entidades federativas.

Así fue como en Jalisco la figura del Ombudsman se instituyó el 28 de febrero de 1993, al reformarse el artículo 10 de la Constitución Política del Estado.

La primera etapa estuvo a cargo de Carlos Hidalgo Riestra. Cuando asumió el cargo sólo contaba con la Ley que le dió origen a la CEDHJ, pero al culminar su periodo, el 29 de abril de 1997, había establecido las bases normativa, organizacional, financiera, administrativa, humana y tecnológica de la institución. Durante su gestión privilegió el uso de la recomendación para la defensa de los quejosos.

La segunda etapa, del 30 de abril de 1997 al 28 de abril de 2001, la encabezó María Guadalupe Morfín Otero. Quién, además del recurso de la recomendación para la defensa de los quejosos, privilegió el procedimiento conciliatorio y con el apoyo del gobierno del Estado, logró dotar a la Institución de un edificio propio.

En la tercera etapa, la responsabilidad recayó en Carlos Manuel Barba García, quien, después de 15 meses como presidente interino, fue ratificado para dirigir la institución por el periodo comprendido del 2 de agosto de 2002 al 2 de agosto de 2007. En su gestión logró, a través del diálogo y el convencimiento, la reparación del daño y continuó además con el uso del procedimiento conciliatorio.

La cuarta etapa, a patir del 2 de agosto de 2007, la CEDHJ estará encabezada por Felipe de Jesús Álvarez Cibrián por los próximos 5 años.